Человечество истребляется генетической расой, которую они создали, чтобы бороться со смертельным вирусом. Один из ученых погружает свою молодую дочь в криогенный сон, надеясь, что она проснётся один день, найдет выживающих людей и принесёт мир между ними и генетическими существами, Энтеррийцами. Девочка, Якумо получила необыкновенные способности при воздействии метеорита, после падения которого Энтеррийцев захватило зло.
Когда Якумо пробуждается, 500 лет спустя, она отправляется в путь и встречает трёх Энтеррийцев: Мушру, Сааго и Кутала, которые соглашаются помочь ей. Вместе с ними Якумо отправляется на поиски города “Шинзо”, где, как бы, обитают выжившие люди. Постепенно, она открывает тайны прошлого и что случилось с ее планетой в действительности.
Посередине сюжет обрывается и начинается, как бы, альтернативная версия событий в которой появляются новые герои и опасности.